Tema Nintendo DSi membagi berkasnya berhalaman dengan batas 40 butir di tiap halaman. Anda bisa menavigasi halaman dengan tombol dan .
Menekan di pojok kanan halaman akan langsung ke butir pertama halamannya
Menekan di pojok kiri halaman akan langsung ke butir terakhir halamannya
Bilah gulir (scrollbar) yang ada di layar bawah mewakili semua berkas pada halaman dan bisa disentuh agar cepat berpindah lokasi.
Jika tombol tidak bisa, gunakan tombol SELECT + saja.
TWiLight Menu++ bisa ditaruh foto ubah suai (custom) di layar atas seperti Menu Nintendo DSi resmi. Namun, daripada mengambil foto dari aplikasi Kamera Nintendo DSi, taruh saja gambar PNG di folder sd:/_nds/TWiLightMenu/dsimenu/photos
Jika ukuran gambar kurang dari batas besarnya, nanti gambar akan ke tengah dengan tepian hitam.
Untuk di tema Nintendo DSi, menekan SELECT akan muncul menu DS Klasik secara bawaan. Namun, Anda bisa mengubahnya pada pengaturan TWiLight Menu++ menjadi Menu SELECT, yaitu menu miniatur yang tersemat dalam tema. Berikut pilihan pada Menu SELECT: